Учебная флотилия 1-й школы подводников ( с 13.6.1940 1-й учебный дивизион подводных лодок) 1-го июля 1940 г была переименована в 21-ю учебную флотилию подводных лодок. К ней относятся следующие подлодки II серии:
| Название | Сроки эксплуатации (данные на лето 1943 г) |
| U 2 | 7.40 - 4.44 (потоплена) |
| U 3 | 7.40 - 8.44 |
| U 4 | 7.40 - 8.44 |
| U 5 | 7.40 - 3.43 (потоплена) |
| U 6 | 7.40 - 8.44 |
| U 7 | 7.40 - 2.44 (потоплена) |
| U 10 | 7.40 - 8.44 |
| U 11 | 12.40 - 5.41 (передана для охраны Пиллау) |
| U 20 | 7.40 - 8.42 (перевезена на Черное море) |
| U 21 | 7.40 - 8.44 |
| U 23 | 7.40 - 8.42 (перевезена на Черное море) |
| U 24 | 7.40 - 8.42 (перевезена на Черное море) |
| U 60 | 11.40-3.45 |
| U 61 | 11.40-3.45 |
| U 62 | 10.40-3.45 |
| U 120 | 7.40 - 5.45 |
| U 121 | 7.40 - 5.45 |
| U 141 | 10.40-4.41; 9.41 -3.45 |
| U 148 | 8.41 - 3.45 (передана в 31-ю флотилию) |
| U 151 | 9.41 - 3.45 (передана в 31-ю флотилию) |
| U 152 | 9.41 - 3.45 (передана в 31-ю флотилию) |
2-й учебный дивизион подлодок был создан 1 ноября 1940 г. в Готенхафене. Он был придан 22-й флотилии подлодок, которая была сформирована в декабре 1940 г. К ней относятся следующие подлодки II серии:
| Название | Сроки эксплуатации | Название | Сроки эксплуатации |
| U 8 | 12.40-3.45 | U 137 | 1.41 -5.45 |
| U 11 | 3.43 - 12.44 | U 139 | 1.41-6.41:9.41-5.45 |
| U 14 | 1.41 -3.45 | U 140 | 1.41-6.41:9.41-5.45 |
| U 17 | 3.43 - 2.45 | U 142 | 1.41-6.41; 9.41-5.45 |
| U 18 | 1.41 - 8.42 (перевезена на Черное море) | U 143 | 1.41-6.41; 9.41-5.45 |
| U 19 | 12.40 - 4.42(перевезена на Черное море) | U 144 | 1.41-6.41 |
| U 56 | 12.40-6.41;8.41-6.44(передана в 19-ю флотилию) | U 145 | 1.41-6.41:9.41-5.45 |
| U 57 | 1.41 - 6.44(передана в 19-ю флотилию) | U 146 | 1.41-6.41;8.41-5.45 |
| U 58 | 1.41 - 6.44(передана в 19-ю флотилию) | U 147 | 12.40-2.41 |
| U 59 | 1.41 - 6.44(передана в 19-ю флотилию) | U 149 | 1.41 -6.41;8.41-5.45 |
| U136 | 1.41 -6.44; 9.41 -5.45 | U 150 | 1.41 -5.45 |
28 января 1945 г. базы в Пиллау и Готенхафене были покинуты из-за приближения фронта. 29 подлодок с плавбазой «Weichsel» были переведены в Киль. Шесть подлодок 21-й учебной флотилии (U 120, U 121,U 141, U 148, U 151 и U 152) прибыли в верфь «Вегезакер», где уже находились подлодки 22-й флотилии. Здесь на них попытались установить шнорхели для боевых действий у восточного побережья Англии. Незадолго до конца войны подлодки (U 143, U 145, U 149 и U 150) с установленными шнорхелями были испытаны на море у Хельголанд. После возвращения они были захвачены англичанами.
24-я флотилия подводных лодок была создана для обучения командного состава и тренировочной стрельбе торпедами. В её состав входили следующие подлодки:
| Название | Сроки эксплуатации | Название | Сроки эксплуатации |
| U 8 | 6.40- 10.40 | U 142 | 10.40- 12.40 |
| U 9 | 6.40- 10.40 | U 143 | 10.40- 12.40 |
| U 14 | 6.40- 10.40 | U 148 | 12.40-8.41 |
| U 18 | 7.40- 12.40 | U 151 | 1.41 -9.41 |
| U 19 | 6.40- 12.40 | U 152 | 1.41 -9.41 |
19-я флотилия подводных лодок была создана для обучения технического состава, списанные с боевой службы подлодки стояли у стенки причала в порту. В её состав входили следующие подлодки:
| Название | Сроки эксплуатации |
| U 56 | 6.44-4.45 |
| U 57 | 6.44 - 4.45 |
| U 58 | 6.44 - 4.45 |
| U 59 | 6.44 - 4.45 |
Использование подлодок II серии для испытаний нового оборудования
U 11 участвовала как опытная подлодка с июня 1940 г. по сентябрь 1941 г. в испытаниях по маскировке в подводном положении (опыты по анти-гидролокации). Весь её корпус был покрыт специальным маскирующим покрытием «Фафнир». Оно состояло из треугольных резиновых призм толщиной 1 см и длиной равной половине длины волны звука, чтобы поглощать его. Британский гидролокатор работал в диапазоне 8-30 килогерц, что соответствовало длине 2,5 -9 см. Расстояние между резиновыми зубцами не должно быть больше, чем длина волны пограничной частоты, это было около 5 см. Слой «Фафнира» был укреплен на корпусе лодки под пластмассовой оболочкой, прикрепленной к металлической раме. Здесь практический метод опирался на создание отражающих ячеек (подобно картонным ячейкам покрывающим стенку в студии звукозаписи). U 11 участвовала в обширных испытаниях совместно с экипажами подлодок U 95, U 96 и опытным судном «Laboe» осенью 1940 г.
Хотя были получены хорошие результаты в ходе испытаний, однако было ясно, что такая наружная непрочная оболочка поверх корпуса непригодна для боевых условий. Поэтому был создан двойной слой звукопоглощающей резины, который получил название «Альберих». Однако он на U 11 не испытывался. С октября 1941 г. по февраль 1943 г. U 11 была придана 5-й флотилии подводных лодок в Киле. Затем она была переведена в 22-ю учебную флотилию.